如果香港公司没有按照规定办理SCR备档而被政府部门查出，会受到一定的处罚：

有关公司及其每名责任人可各处2.5万港币，如情况适用，可再加罚700港币/天。

一般，香港公司在注册成立时，公司法定秘书就会即刻办理SCR备档，备存信息，包括：

香港公司重要控制人的姓名、地址、身份证号码、成为实际控制人日期，以及对公司所施加的控制的性质等详细资料,重要的控制人可以是自然人或法人。

而如何判断重要控制人可以参考以下几项标准：

1、直接或间接持有该公司25%以上的表决权；
2、该人直接或间接持有为人或罢免该公司董事局的过半数董事的权利；
3、该人有权利或实际上对该公司发挥或行使重大影响力或控制。

如果香港公司还未办理SCR备档，则需要尽快委托法定秘书或者代理机构办理，以免引来不必要的麻烦。
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